Bezpłatne aplikacje z Amazon Appstore można bezpiecznie pobierać, o ile są pobierane bezpośrednio ze sklepu. Te aplikacje są poddawane podobnej weryfikacji, jak w Google Play.
Chociaż aplikacje z Amazon Appstore są bezpieczne, proces instalacji wprowadza luki w zabezpieczeniach dla użytkowników Androida. Aby zainstalować aplikacje, użytkownicy muszą zmienić ustawienia zabezpieczeń urządzenia z systemem Android, aby instalować aplikacje z nieznanych źródeł, proces znany jako ładowanie boczne. Po skonfigurowaniu urządzenie z Androidem pozwala użytkownikowi zainstalować aplikację niezależnie od źródła, nie tylko z Amazon Appstore. Brak bieżącej funkcji systemu Android, która zezwala tylko na aplikacje z określonego rynku.
Większość złośliwego oprogramowania pochodzi z witryn stron trzecich, ale może być również wysyłana jako załączniki w wiadomościach e-mail. Zwykle urządzenie z Androidem broni użytkownika, odmawiając instalacji dowolnej aplikacji, która nie pochodzi z Google Play. Ta funkcja jest jednak wyłączona podczas instalowania aplikacji w sklepie Amazon Appstore, tworząc lukę w zabezpieczeniach. W obiegu znajdują się tysiące złośliwych aplikacji na Androida, a większość pochodzi z witryn innych firm.
Aby uniknąć tego problemu, użytkownicy powinni ponownie włączyć funkcję zabezpieczeń i zabronić instalacji z nieznanych źródeł, gdy tylko zostanie zainstalowana aplikacja ze sklepu Amazon Appstore. Chroni to urządzenie, gdy nie ładuje zamierzonych aplikacji.
