Wielu z pierwotnych osadników z Nowego Jorku, New Jersey, Pensylwanii i Delaware było imigrantami z narodów europejskich, gdzie byli prześladowani ze względu na swoje przekonania religijne. Wśród nich były grupy kwakrów, luteranów, anglikanów, baptystów i holenderskich menonitów, każdy z własnymi praktykami i przekonaniami. Według National Humanities Center ten religijny pluralizm odegrał rolę w tworzeniu zróżnicowanej, religijnie tolerancyjnej kultury środkowych kolonii.
USHistory.org opisuje, jak obecność tak wielu różnych grup religijnych w jednym obszarze sprawiła, że dominacja jednej wiary w środkowych koloniach była prawie niemożliwa. Różne grupy w dużej mierze tolerowały się nawzajem, ponieważ każda z nich doświadczała równego ryzyka prześladowania. We wczesnych latach kolonialnej Ameryki, środkowe kolonie służyły jako bufor między bardziej północnymi koloniami, gdzie dominował angielski purytanizm, a południowymi koloniami, gdzie najczęściej występował anglikanizm. Ponieważ środkowe kolonie były bardziej tolerancyjne w odniesieniu do religijnych sprzeciwów, ci, którzy obawiali się prześladowań na północy lub południu mogli przenieść się do tych kolonii i doświadczyć większej akceptacji.
Nawet wewnątrz poszczególnych miast w środkowych koloniach panowała wielka religijna różnorodność. Na przykład Narodowe Centrum Humanistyczne pokazuje obraz przedstawiający panoramę Nowego Jorku z 1771 roku. Na mapie znajduje się 18 różnych świątyń. Religie reprezentowane przez ten obraz to holenderski reformowany, anglikański, prezbiteriański, luterański, francuski hugenot, kongregacjonalny, metodystyczny, baptysta, kwakier, morawski i żydowski.
