Wykładzina do basenu może być czyszczona roztworem wybielacza i wody lub przy użyciu sody oczyszczonej. Utrzymywanie właściwej chemii wody jest również niezbędne do zapobiegania powstawaniu plam.
Prawidłowe czyszczenie wkładu basenowego wymaga znajomości przyczyny plam. Jeśli plamy są zielone lub brązowe, najprawdopodobniej są spowodowane substancjami organicznymi, takimi jak glony lub inne substancje roślinne. Czerwonawe brązowe kolory najprawdopodobniej oznaczają, że plama jest spowodowana rdzą.
Korekta chemii wody w basenie może usunąć organiczne plamy bez konieczności usuwania wkładki lub energicznego szorowania. Poziom pH powinien wynosić od 7,2 do 7,6, a poziom chloru powinien wynosić od 1,5 do 2,5. Poziom twardości wapnia powinien wynosić 200 do 300 części na milion, a poziom zasadowości powinien wynosić 80-100 części na milion. Kiedy te poziomy są niezrównoważone, basen może być idealnym miejscem do wzrostu alg lub innych organizmów. Czyszczenie skimmera i innych problemów za pomocą szmatki pokrytej sody oczyszczonej spowoduje nie tylko usunięcie niektórych plam, ale także podniesienie poziomu pH i zasad w basenie.
Plamy, których nie można usunąć przez korektę poziomów chemicznych w wodzie, należy usunąć za pomocą wybielacza wykonanego z jednej części wybielacza i dwóch części wody. Opróżnienie basenu i usunięcie wkładki jest konieczne, aby roztwór był skuteczny. Roztwór należy nałożyć na wkładkę i pozostawić na godzinę przed spłukaniem. Może być wymagane dodatkowe szorowanie. Proces jest powtarzany w razie potrzeby, aby usunąć trudne plamy.