Wady aplikacji klient-serwer to brak niezawodności, dojrzałych narzędzi i skalowalności. Aplikacje klienckie lub serwerowe lub oprogramowanie działające na komputerze klienckim mają również wady wyższych kosztów i ryzyka zatłoczenia sieci.
Ponieważ aplikacje klient-serwer wysyłają żądania do zdalnego serwera z komputera klienckiego, kiedy serwer przestaje działać, operacje zostają zatrzymane. Również sieciowe systemy operacyjne, takie jak Windows NT Server, nie mają skalowalności. Inną wadą aplikacji klient-serwer jest to, że muszą być zainstalowane na komputerze każdego użytkownika. W niektórych przypadkach może to być tak proste, jak korzystanie z udostępnionego dysku sieciowego. Jednak może to być tak trudne, jak spędzanie wielu godzin na instalowaniu i konfigurowaniu oprogramowania i komponentów środowiska wykonawczego na każdym komputerze użytkownika.
Koszty związane z aplikacją klient-serwer zależą od typu. Dwustopniowe aplikacje klient-serwer dzielą prezentację, przetwarzanie i dane na dwie jednostki, podczas gdy aplikacje trójwarstwowe dzielą interfejs użytkownika, funkcjonalność i dane na trzy jednostki. Aplikacje trójwarstwowe mają wyższe koszty testowania i migracji, gdy zmiana reguły biznesowej wymaga zmiany parametrów wywołania. Koszty kodowania, testowania i migracji są zawsze wyższe w systemach dwupoziomowych, gdy porównuje się koszt przejścia z jednego zastrzeżonego narzędzia rozwoju klienta do innego. Inne koszty obejmują koszty sieci, sprzętu i czasu odpowiedzi.
