Niektóre pomidory stają się czarne na dnie z powodu gnicia końca kwiatka, co jest wynikiem niedoboru wapnia podczas formowania. Najczęściej występuje w ogrodnictwie pojemnikowym; może jednak wystąpić w przypadku każdego rodzaju prac ogrodowych.
Niedobór wapnia występuje z powodu niespójnego podlewania, zbyt dużego nawożenia nawozu za dużo lub za mało. Przy zbyt małej ilości wody gleba staje się zbyt sucha, a roślina nie może zebrać wystarczającej ilości wapnia z gleby dla pomidora. Zbyt duża ilość wody zasadniczo topi roślinę i uniemożliwia jej przetwarzanie składników odżywczych z gleby. Pomidory są ciężkimi karmnikami i potrzebują przyzwoitej ilości nawozu, aby rosnąć, ale zbyt dużo nawozu może je zabić. Przestrzegając odpowiednich wytycznych dotyczących uprawy pomidorów, można uniknąć gnicia korzeni.
