Najlepszym sposobem na oczyszczenie linii syropu z fontanny z wodą sodową jest przepłukanie systemu tuby roztworem do czyszczenia bez użycia wybielacza. wybielacz powoduje korozję plastiku w rurkach i może powodować problemy zdrowotne. Te roztwory czyszczące są zaprojektowane jako torby w pudełku, które są podobne do pudełek z syropem wykorzystywanych w fontannach sodowych.
Worki z syropem są podłączane do probówek za pomocą adaptera BIB. Ten sam adapter służy do łączenia pudełkowych rozwiązań czyszczących z systemem rur z fontanną sodową. Ten proces czyszczenia działa dokładnie w taki sam sposób, jak w przypadku dozowania syropu przez urządzenie sodowe. Roztwór czyszczący jest podłączony do fontanny z wodą sodową, w której zwykle są przechowywane worki z syropem. Następnie należy nacisnąć dźwignię z przodu dozownika wody sodowej, aby roztwór czyszczący przepłukał system. Roztwór czyszczący należy przepuszczać przez system rurki przez 15 do 20 minut.
Time Magazine przedstawił historię podkreślającą potrzebę regularnego czyszczenia i regularnego płukania systemów rur z syropem sodowym. Artykuł stwierdza, że po przeprowadzeniu badania 30 różnych systemów sody fontanny w Wirginii, 48 procent okazało się zawierać bakterie coli, zwykle związane z ludzkimi i zwierzęcymi kałami.