Do czyszczenia mikserów Ninja nie są potrzebne żadne narzędzia. System Mega Kitchen, mikser Professional, mikser Nutri Ninja i Ultimate wymagają tych samych metod czyszczenia. Podstawę silnika wyciera się wilgotną szmatką, a dzbany, pokrywy, ostrza i przystawki można myć w zmywarce.
Gdy dzban jest czyszczony na dolnej zębatce zmywarki, mniejsze kawałki są umieszczane na górnym stojaku. Innym sposobem na wyczyszczenie blendera Ninja jest wypełnienie go w trzech czwartych ciepłą wodą, dodanie niewielkiej ilości płynu do mycia naczyń, założenie pokrywy i kilkakrotne naciśnięcie przycisku PULSE. Po oczyszczeniu blendera wszystkie składniki spłukuje się pod bieżącą wodą. Mieszalnik nie powinien być przechowywany, dopóki kawałki nie wyschną dokładnie.
