Charles Krauthammer urodził się w Nowym Jorku w 1950 roku i wraz z rodzicami przeprowadził się do Kanady francuskojęzycznej. Był żonaty z malarzem i rzeźbiarzem Robyn Krauthammer i ma syna o imieniu Daniel, który był Urodził się w 1986 roku. Zarówno Charles, jak i Robyn Krauthammer byli promotorami żydowskiej muzyki i kultury, a także współzałożycielami "Pro Musica Hebraica", organizacji kulturalnej z siedzibą w Waszyngtonie. Obaj zawsze interesowali się żydowską kulturą i tradycjami. Dr Krauthammer zmarł 21 czerwca 2018 r. Na raka jelita cienkiego.
Charles Krauthammer dorastał w ściśle ortodoksyjnej rodzinie żydowskiej. Jego ojciec pochodził z Francji, a jego matka urodziła się w Belgii. Postanowili przenieść się z Nowego Jorku do Montrealu, gdy Charles był młody. Prowadził bardzo prywatne życie i rzadko dzielił się szczegółami na temat swojej rodziny z opinią publiczną, z wyjątkiem kilku wzmianek o jego synu Danielu w książce "Things That Matter". Ożenił się z Robyn Krauthammer w 1974 roku i obaj władali biegle językiem hebrajskim. Wspólnie prowadzili organizację kulturalną, która organizuje koncerty promujące muzykę żydowską. Oboje spotkali się podczas Oxford University w Anglii. W tym czasie Robyn była studentką żydowsko-australijską, pracującą również jako urzędnik sądowy w biurze sędziego.
