Według FindLaw UK, główne zagrożenia dla handlu elektronicznego można podzielić na dwie kategorie: złośliwe i przypadkowe. Niektóre złośliwe zagrożenia obejmują hakerów próbujących przeniknąć do systemu i kradnąc poufne dane, włamywacze kradną laptopa, który ma poufne dane na jego temat, a oszustami udają legalnych użytkowników, a następnie kopiują informacje o witrynie. Kolejne zagrożenie polega na tym, że atakujący naruszają witrynę e-commerce, aby wykraść informacje o karcie płatniczej.
Według firmy Dell SecureWorks, zagrożenia związane z bezpieczeństwem e-commerce różnią się od kradzieży własności intelektualnej i zakłóceń w działalności firmy, a także szkód związanych z marką i obrazem. Hakerzy próbują naruszać systemy i sieci handlu elektronicznego w celu kradzieży zastrzeżonych informacji o produktach i procesach produkcyjnych. Następnie sprzedają te informacje cyberprzestępcom, rządom i konkurentom lub bezpośrednio wykorzystują te informacje. Rdzeń bezpośrednich zagrożeń e-commerce wpływa na serwery, które mogą zostać zainfekowane złośliwymi kodami, w których złośliwy kod programowy jest wprowadzany do serwera w celu uzyskania dostępu do zasobów systemowych.
Przykłady ataków złośliwego kodu obejmują wirusy, robaki, konie trojańskie i bomby logiczne. Istnieje kilka sposobów zabezpieczania witryn i transakcji, na przykład za pomocą bloków kryptograficznych, które zawierają szyfrowanie za pomocą systemów kluczy symetrycznych i asymetrycznych. Kluczowe zarządzanie jest kluczowe, a czasami prostsze może być lepsze.