Poza najbardziej znaną cechą, jaką jest dzielony przez człowieka kanał, Republika Panamy zawiera surowe góry, przybrzeżne równiny i pagórki. Cienki pas lądu obejmuje naród o powierzchni 2915 mil kwadratowych, będący przesmykiem łączącym kontynenty Ameryki Północnej i Ameryki Południowej. Kanał Panamski, który został ukończony w 1914 roku, umożliwia statkom przechodzenie między Oceanami Atlantyckimi i Pacyfiku, które leżą na północ i południe od Przesmyku Panamskiego.
Panama jest najbardziej wysuniętym na południe krajem w Ameryce Środkowej i graniczy z Kolumbią po stronie Ameryki Południowej i Kostaryką po stronie Ameryki Środkowej. Centralnym kręgiem wewnętrznych gór i pagórków jest dominujący w kraju element topograficzny. Szczyty tego kręgosłupa powstały w wyniku wulkanicznych wtrętów, a region górski powstał w wyniku podwyższenia pochodzącego z dna morskiego. Cały łańcuch górski, który biegnie od Kostaryki na północnym zachodzie do kanału, jest ogólnie nazywany Cordillera Central. Najwyższym punktem w Panamie jest szczyt wulkanu Baru na wysokości 11,401 stóp.
W miejscu, w którym Panama graniczy z Kolumbią, znajduje się niemal nieprzebyta dżungla, zwana Darien Gap. Ten obszar jest jedyną przerwą w całym systemie autostrad Panamerykańskich, który łączy Alaskę z regionem Patagonii w południowej Argentynie.
