Baptyści i prezbiterianie mają różne poglądy na temat praktyki chrztu. Baptists uważa, że osoba ochrzczona musi wyznawać swoją wiarę w Chrystusa, zanim zostanie zanurzona w wodzie, podczas gdy prezbiterianie wierzą, że ludzie powinni być pokropieni woda jako zanurzenie nie jest biblijna. Prezbiterianie także wierzą, że niemowlęta mogą zostać ochrzczone, nawet jeśli nie potrafią wyrazić swojej wiary. Baptyści wierzą, że ludzie rodzą się w grzechu, więc muszą być wystarczająco dorośli, aby pokutować, zanim zostaną ochrzczeni.
Kościoły prezbiteriańskie pozwalają ludziom, którzy nie zostali ochrzczeni, na przyjęcie komunii, nawet jeśli dana osoba nie wyraziła wiary. Natomiast baptyści dopuszczają tylko tych, którzy są ochrzczeni i mają wiarę, aby wziąć udział.
Baptyści uważają, że każdy kościół jest niezależny, podczas gdy kościoły prezbiteriańskie muszą odpowiadać na legislacyjne i sądowe organy kościelne. Członkowie zborów prezbiteriańskich mogą odwołać się do prezbiterium, jeśli obawiają się złego zarządzania lub jakichkolwiek innych problemów, podczas gdy kościoły baptystyczne nie mają tego przepisu.
Kapłani prezbiteriańscy muszą mieć wykształcenie wyższe lub inny dowód wykształcenia, zanim zostaną wyświęceni. Prezbiterium sprawdza również znajomość hebrajskiego i greki kapłana, a także filozofię, etykę i rząd kościelny. Baptyści uważają, że dana osoba nie wymaga nauki, aby zostać kapłanem; zamiast tego wierzą, że Bóg powołuje ludzi do służby, a wiedza o ewangelii i chęć ratowania dusz to wszystko, czego potrzeba.
