Główną wadą napędów flash USB jest ich ograniczone cykle zapisu i kasowania. Można pisać i kasować tylko około 100 000 razy. Chociaż może to nie wpłynąć znacząco na przeciętnego użytkownika, powinno to być istotne dla użytkowników, którzy zamierzają używać pamięci USB do uruchamiania systemu operacyjnego lub aplikacji.
Dyski USB są kompaktowe i przenośne, ale ich niewielki rozmiar ułatwia ich zgubienie. Aby zaradzić tej sytuacji, niektórzy producenci projektują dyski flash w taki sposób, aby można je było przymocować do smyczy, naszyjników i breloczków. Dyski flashowe są znane z rozprzestrzeniania wirusów komputerowych. Jeśli napęd USB nie ma mechanizmu ochrony przed zapisem, natychmiast zostaje zainfekowany, gdy do uzyskania dostępu do jego zawartości jest używany komputer zainfekowany wirusem.
Cena za jednostkę pamięci flash USB jest wyższa niż w przypadku zewnętrznych dysków twardych. Są również mniejsze pojemności. Dyski flash mogą mieć do 128 GB pamięci, podczas gdy zewnętrzne dyski twarde mogą mieć do 2 TB pamięci. Pamięć flash jest podatna na elektryczność statyczną, a nawet najmniejszy ładunek elektryczny może prowadzić do utraty danych i nieodwracalnych uszkodzeń. Główną zaletą dysków flash jest to, że są przenośne i wygodne.
