Wiadomości błyskawiczne są wygodne i bardziej opłacalne niż tradycyjne formy komunikacji; jednak wiadomości błyskawiczne mogą stanowić zagrożenie bezpieczeństwa, pozwalając wirusom na uszkodzenie komputera i sieci. Ponadto komunikatory internetowe mogą potencjalnie zagrozić bezpieczeństwu poufnych informacji.
Wiadomości błyskawiczne zmniejszają koszt komunikacji z osobą korzystającą z połączeń międzystrefowych lub międzynarodowych. Połączenia te mogą pochłaniać duże części zysków firmy, zwłaszcza jeśli firma jest zaangażowana w rynek zagraniczny. Wiadomości błyskawiczne są zasadniczo darmowe, z wyjątkiem kosztów połączenia internetowego.
Wiadomości błyskawiczne redukują również czas spędzany poza zadaniem. Kiedy wiadomość zostanie wysłana lub odebrana, inne prace mogą być w toku podczas przesyłania komunikatu. Wydajność pracowników jest większa, co zmniejsza koszty firmy.
Usługi wiadomości błyskawicznych nie były pierwotnie przeznaczone do użytku biznesowego, ale raczej do rozrywki. Wiele funkcji bezpieczeństwa niezbędnych do ochrony komputera przed wirusami nie wchodzi w skład programów do obsługi wiadomości błyskawicznych. Korzystanie z komunikatorów internetowych zwiększa podatność systemu na ten problem.
Trudno kontrolować wyświetlanie wiadomości błyskawicznej. Po wysłaniu wiadomości każdy może ją przeczytać. Ponadto może być trudno zweryfikować, czy wiadomość pochodzi ze zidentyfikowanego źródła. Może to spowodować utratę integralności otrzymanych informacji i pogorszyć bezpieczeństwo informacji.
