Utrata siedlisk w Wielkich Jeziorach przypisywana jest gatunkom inwazyjnym, zanieczyszczeniom, rozwojowi linii brzegowej, przepływowi statków, zanikaniu gatunków rodzimych i wypływom wody z basenów Wielkich Jezior. Mała część utraty siedlisk w Wielkich Jeziorach pochodzi z naturalnych zjawisk, w tym klęsk żywiołowych, takich jak powodzie i susze. Jednak większość zmian w tym wrażliwym ekosystemie pochodzi z działalności człowieka.
W Wielkich Jeziorach, wraz z innymi ekosystemami, wprowadzenie gatunków nierodzimych stanowi poważne zagrożenie. Gatunki inwazyjne to organizmy, takie jak rośliny, bakterie i zwierzęta, które są transportowane do siedlisk z innych lokalizacji. Po wprowadzeniu te gatunki mogą konkurować z rodzimymi organizmami o ograniczone zasoby, takie jak żywność, woda i schronienie. Gatunki inwazyjne mogą również zabijać gatunki rodzime przez bezpośrednie drapieżnictwo lub, w przypadku bakterii i wirusów, poprzez choroby i choroby.
Zanieczyszczenie jest kolejnym czynnikiem utraty różnorodności biologicznej w regionie Wielkich Jezior. Zanieczyszczenie występuje w dwóch podstawowych formach: źródło punktowe i źródło nonpoint. Nielimitowane zanieczyszczenie powstaje, gdy woda z roztopów i deszczów transportuje zanieczyszczenia do dróg wodnych i zasobów wody gruntowej. Zanieczyszczenie punktowe pochodzi z bezpośrednich źródeł, takich jak fabryki i spalające węgiel elektrownie paliwowe. Wreszcie, częste przepływanie statków i zmotoryzowanych statków przez Wielkie Jeziora przyczynia się do znacznych ilości toksycznych substancji chemicznych i zanieczyszczeń do otaczających wód i powietrza.
