Kwitnące drzewa wiśniowe są podatne na wiele chorób grzybowych, w tym brązową zgniliznę (zwaną także zarazą kwiatową), czarny węzeł i zamierania Eutypa. Gdy drzewo jest zainfekowane grzybem, nie ma lekarstwa. Uszkodzone kończyny należy usunąć i ostrożnie wyrzucić z ogrodu. Te pospolite choroby grzybicze mogą poważnie uszkodzić lub zabić kwitnące drzewo wiśniowe.
Brązowa zgnilizna infekuje kwiaty wiśni, tak jak zaczynają zanikać na wiosnę. Pojawia się najpierw jako maleńkie czarne kropki na kwiatach i rozprzestrzenia się na kończyny, poruszając kończynami do tułowia. Kończyny zakażone brązową zgnilizną muszą być przycięte co najmniej 8 cali od infekcji. Czarny węzeł rozprzestrzenia się również na wiosnę. Zimuje w środku sęków na drzewach, aż do ciepła i wilgoci sprężyny i rozprasza zarodniki. Po raz pierwszy pojawia się na drzewach jako korkowe sęki, które powoli stają się zielone, a następnie czarne. Infekcja czarnego węzła zakłóca układ krwionośny drzewa, powodując obumarcie i śmierć kończyn. Jakiekolwiek sękate gałęzie muszą być przycięte, co najmniej 3 cale poniżej węzła, podczas zimy i wczesnej wiosny.
Grzyb Eutypa lata powoduje zamieranie wiśni podczas późnej wiosny i lata. Wchodzi on do drzewa w kroplach wody poprzez miejsca przycinania, powodując, że kończyny nagle więdną i umierają. Zwiędnięte kończyny muszą być przycięte co najmniej stopę od infekcji. Przy wszystkich infekcjach grzybiczych sprzęt do przycinania musi być dezynfekowany pomiędzy każdym cięciem i między drzewami, aby zapobiec jego rozprzestrzenianiu się. Fungicydy mogą pomóc w zapobieganiu infekcjom, jeśli zostaną wykorzystane wczesną wiosną.
