Anna Stanley złożyła pozew o rozwód z Charles Stanley w 1993 roku, według doniesień CNN. Rozwód stał się ostateczny w 2000 roku. Rozwód zakończył 44-letnie małżeństwo.
Rozejście Charlesa Stanleya od jego żony było kontrowersyjne, ponieważ jako ewangelista i założyciel In Touch Ministries głosił przeciwko rozwodowi i popierał ścisłe poglądy na małżeństwo. Jego kościół, Pierwszy Baptysta, utrzymywał politykę przeciwko pozwalaniu rozwiedzionym ludziom na służenie jako pastorzy lub diakoni. Według Baptist Press, kiedy rozwód Stanleya stał się ostateczny, First Baptist Church postanowił pozwolić mu pozostać jako pastor. Od lutego 2015 r. Charles Stanley pozostaje proboszczem Pierwszego Kościoła Chrześcijan Baptystów.