Klonowanie jest kontrowersyjną sprawą z powodu nieodłącznych kwestii etycznych, filozoficznych i religijnych, takich jak zmniejszenie wyjątkowości jednostki i szansa na biologiczną porażkę, jak widać w eksperymentach na ssakach. Klonowany człowiek na przykład rodzina jest mało prawdopodobne, aby kiedykolwiek zobaczyła go jako oryginalnego.
Najbardziej konkretnym argumentem przeciwko klonowaniu jest to, że wciąż jest rodzącą się technologią, która jest podatna na wysokie wskaźniki awarii. Jest prawdopodobne, że klonowanie i związana z nim inżynieria genetyczna mogą doprowadzić do uprzedmiotowienia istot ludzkich przez potencjał zmiany niepożądanych cech lub zacząć od nowa. Ponadto "śliskie nachylenie" legalizacji i akceptacji klonowania jako społeczeństwa może prowadzić do innych radykalnych technologii, które zagrażają tożsamości.
