Specyfikacja systemu plików NTFS umożliwia pełne szyfrowanie danych, co zapewnia użytkownikom solidną ochronę przed nieautoryzowanym dostępem do danych; tylko ci, którzy mają hasło, mogą odszyfrować dane. Na platformach Windows system FAT32 obsługuje tylko podstawowe zarządzanie uprawnieniami do folderów współdzielonych, a system NTFS oferuje zaawansowane zarządzanie uprawnieniami.
Chociaż poszczególne pliki mogą być szyfrowane w dowolnym systemie plików, system plików NTFS obsługuje szyfrowanie systemowe. Dzięki temu użytkownicy mają pewność, że ważne dokumenty są chronione, więc brak protokołu szyfrowania lub luk w oprogramowaniu szyfrującym nie może skutkować lukami w zabezpieczeniach.
Obsługa modeli uprawnień z systemem FAT32 jest różna w zależności od docelowego systemu operacyjnego, ale systemy operacyjne Windows zazwyczaj zezwalają tylko na zarządzanie uprawnieniami na poziomie sieci dla folderów współdzielonych. W systemach wieloużytkownikowych użytkownicy, którzy chcą chronić swoje dane przed innymi użytkownikami, muszą zaszyfrować swoje dane.
Oprócz zapewnienia lepszych zabezpieczeń przed nieautoryzowanym dostępem, system plików NTFS zapewnia także większe bezpieczeństwo integralności plików niż system plików FAT32. NTFS przechowuje dziennik transakcji danych; wpisy są przechowywane przed przeniesieniem, usunięciem lub skopiowaniem informacji. Jeśli komputer straci zasilanie podczas tej transakcji, dziennik może pomóc przywrócić utracone informacje i wykonać zadanie. Z kolei partycje FAT32 są podatne na uszkodzenie danych. Takie uszkodzenie jest często naprawiane, ale dane nadal mogą zostać utracone.
