Indonezja jest archipelagiem położonym na półkuli wschodniej między Azją Południowo-Wschodnią a Australią. Kraj dzieli granice z Papuą Nową Gwineą, Timorem Wschodnim i Malezją. Inne sąsiednie kontynenty to Singapur, indyjskie terytoria Andaman i Nicobar oraz Filipiny.
Ponad 17.500 wysp obejmuje naród Indonezji, z których największe to Sumatra, Jawa, Borneo, Sulawesi i Papua. Państwo wyspiarskie otoczone jest kilkoma zbiornikami wody, w tym Jawą, Południowymi Chinami, wyspami Celebes, Flores, Banda, Bali, Timorem i Arafurą. Archipelag położony jest wzdłuż równika i stanowi część podziału między Oceanem Spokojnym i Indyjskim.