Większość filtrów w klimatyzatorze należy czyścić lub wymieniać raz na trzy do dziewięciu miesięcy. Częstotliwość może zależeć od zaleceń zawartych w instrukcji obsługi dla danej jednostki i ilości alergenów lub pył w obszarze geograficznym.
Większość filtrów klimatyzacyjnych łatwo wysuwa się w celu wyczyszczenia lub uzupełnienia świeżym, nowym filtrem. Podczas czyszczenia filtrów właściciele domów mogą odkurzać włókna, kurz i pozostałości z filtra za pomocą węża próżniowego. W niektórych modelach filtry można przepłukać wodą, aby usunąć cząstki kurzu. Regularna wymiana lub czyszczenie filtrów może zapewnić lepszą filtrację i umożliwić bardziej efektywne działanie klimatyzatora.