Podczas gdy samooczyszczający się piekarnik może zaoszczędzić wiele czasu i kłopotów w kuchni, bardzo brudne piece wymagają wcześniejszego czyszczenia wstępnego. Uruchamianie cyklu samooczyszczania z ekstremalnym zabrudzeniem może wymagać wielu cykli, a nawet uszkodzenia powierzchni wewnątrz piekarnika.
Cykl samooczyszczania wykorzystuje ekstremalne ciepło do spalania resztek jedzenia. Niektóre rodzaje wycieków stają się problematyczne w wysokiej temperaturze. Słodka pozostałość może w rzeczywistości wpaść w płomienie, naruszając wnętrze powierzchni piekarnika. Silnie zaschnięte mączki mogą blokować przepływ powietrza, powodując przegrzanie elementów i prawdopodobnie wywołując awarię elektryczną. Im więcej materiału trzeba usunąć, tym dłużej piec musi pracować, aby go wypalić.
