Właściwe leczenie infekcji zatok zależy od tego, czy infekcja jest spowodowana przez bakterie czy wirusy. Eksperci z CDC twierdzą, że terapia antybiotykowa nie jest konieczna, chyba że dana osoba cierpi na ostrą infekcję wywołaną przez bakterie. Jeśli infekcja jest spowodowana przez wirusa, zwykle znika sama, chociaż osoby z infekcjami zatokowymi mogą stosować leki dostępne bez recepty w celu leczenia objawów.
CDC wyjaśnia, że większość zakażeń zatok spowodowanych jest przez wirusy; jednak WebMD stwierdza, że 90 procent dorosłych jest przepisywanych kursom antybiotyków na infekcje zatok. Jest to poważny problem, ponieważ nadużywanie antybiotyków może prowadzić do oporności na antybiotyki.
Dla tych, którzy chcą uniknąć antybiotyków, można leczyć objawy zakażenia zatokowego, podczas gdy układ odpornościowy zwalcza szkodliwy organizm. W przypadku zatłoczenia, MedlinePlus zaleca stosowanie nawilżacza i wdychanie pary dwa do czterech razy dziennie. Picie przejrzystych płynów powoduje rozwarstwienie śluzu, co ułatwia wysychanie śluzu. Istnieją również leki do usuwania śluzu z przewodów nosowych. Leki te są nazywane lekami obkurczającymi naczynia. Acetaminofen łagodzi ból i gorączkę związaną z infekcją zatok, ale nie kontroluje stanu zapalnego, jak ma to miejsce w przypadku ibuprofenu, zgodnie z eMedicineHealth.
U ludzi, którzy są zdrowi, amoksycylina w dużych dawkach jest lekiem z wyboru w leczeniu infekcji zatok, według American Academy of Otolaryngology - Head and Neck Surgery. Jeśli infekcja się nie wyjaśni, lekarz może przepisać antybiotyk przeznaczony do leczenia różnych rodzajów bakterii.