Myszkę jelenia można rozpoznać po długim, trójkątnym nosie i dużych, czarnych oczach. Mysz z jelenia jest często brązowa, a zwykła mysz domowa jest zazwyczaj szara.
Górna część myszki jelenia waha się od brązowej do czerwonawej, a brzuch myszy jest biały. Myszka ma duże, zaokrąglone uszy z rzadkim futrem. Myszożerne mają długie ogony, które są czerwonawe lub brązowe na górze i białe na dnie. Wspólne myszy mają ciemno zabarwiony, pozbawiony włosów ogon, który jest zwykle jednolity w kolorze. Myszki jelenia mogą być również szare i białe, a nie czerwonawe lub brązowe, w zależności od regionu, w którym mieszka mysz. Zarówno szare, jak i brązowe myszy jelenia mają biały podbrzusze i dwukolorowy ogon.
Dojrzałe myszy są większe niż myszy jelenie. Typowy rozmiar dojrzałej myszy jelenia wynosi około 4 cali lub 7 cali włącznie z ogonem. Typowa mysz osiąga długość do 8 cali.
Tylne stopy myszy jelenia są często mniejsze niż zwykłe myszy domowe. Ponadto oddzielenie kolorów myszy jelenia jest wyraźnie zauważalne, podczas gdy zwykła mysz ma kolory, które stopniowo łączą się ze sobą. Różnice w kolorach między myszami jelenie a myszami domowymi są szczególnie widoczne podczas badania ogonów.
