Podczas gdy zarówno naturalne perły, jak i hodowane perły są prawdziwe, ich tworzenie jest największą różnicą między nimi. Naturalne perły występują w małżach i ostrygach, gdy drażniące, niczym ziarenko piasku, dostają się do skorupek stworzeń. W celu ochrony, małża składa się z masy perłowej, formy węglanu wapnia. Masa perłowa chroni małża przed intruzem i tworzy z czasem warstwy, tworząc naturalną perłę wewnątrz muszli.
Rolnicy zajmujący się hodowlą pereł celowo wkładają nasiona, które są małymi koralikami lub zaokrąglonymi kawałkami muszli małży, w małże małży, aby wymusić tworzenie pereł. Proces uprawy wymaga jednego do dwóch lat, aby wyprodukować perłę o wartości rynkowej. Natomiast perły naturalne potrzebują wielu lat, aby wyrosnąć do pożądanych rozmiarów i mogą kosztować nawet 10 razy więcej niż ich hodowlani kuzyni.
Podczas inspekcji naturalne perły mają warstwy cebulowe spowodowane powolnym wzrostem. Perły hodowlane nie mają tej warstwy, ze względu na ich szybki wzrost. Jubilerzy często wykorzystują tę nieobecność warstw do odróżniania naturalnych pereł od hodowanych pereł.
Rolnicy zajmujący się hodowlą perłową są zdolni do masowej produkcji pereł o stałej jakości i kolorze po niższych kosztach dla jubilerów i konsumentów w porównaniu do naturalnych pereł. Naturalne perły wciąż mają wielki prestiż w branży jubilerskiej, ale ich metki sprawiają, że są mniej popularne na rynku dorywczym.
