Głównymi rzekami na Filipinach są rzeka Cagayan, Rio Grande de Mindanao i rzeka Agusan. Kraj ma w sumie 421 rzek, ale naukowcy uważają, że 50 z nich jest biologicznie martwych.
Najdłuższa rzeka na Filipinach to rzeka Cagayan. Ma 314 mil długości i znajduje się na wyspie Luzon, która znajduje się w północnej części kraju. Rzeka Cagayan jest podatna na powodzie, szczególnie podczas ulewnego deszczu. Rzeka Cagayan przepływa z gór Caraballo do kanału Babuyan. Drugą co do wielkości rzeką jest Rio Grande de Mindanao, które znajduje się w południowej części Filipin na wyspie Mindanao. Miejscowi używają rzeki do transportu towarów rolnych, a także drewna. Rio Grande de Mindanao zaczyna się w górach Impasug-ong i kończy w Zatoce Moro. Na wschodzie leży rzeka Agusan, która zaczyna się w dolinie Compostela i wpływa do zatoki Bhutan. Jest to trzecia co do wielkości rzeka na Filipinach. W rzece i jej pobliżu znajduje się dużo torfu i sago, a także kaczki migrujące, które żyją również w sąsiednich jeziorach. Agusan jest podatny na gwałtowne powodzie w okresach ulewnego deszczu.
