Głównymi zbiornikami wód w Niemczech są rzeki Dunaj, Ren, Łaba i Wezera. Niemcy mają małe jeziora, ale są to w większości lodowce i położone w górach. Największe jezioro, Bodensee, leży na granicy Niemiec ze Szwajcarią i Austrią.
Największe rzeki w Niemczech to Dunaj i Ren. Ren ma 820 mil długości. Zaczyna się w Alpach Szwajcarskich i biegnie na północ do Morza Północnego. Wiele mniejszych rzek i dopływów tworzy system Ren. Są wśród nich rzeki Lippe, Ruhra, Mozela, Neckar i Main. Ren jest szczególnie ważny dla Niemiec, ponieważ można nim pływać łodzią na całej długości, co sprawia, że jest ważnym szlakiem transportowym towarów.
Dunaj, który jest jedną z największych rzek w Europie, znajduje się w południowych Niemczech. Zaczyna się w słynnym niemieckim Czarnym Lesie i płynie na wschód do Morza Czarnego. System Elby jest drugą co do długości rzeką w Niemczech. Rzeka Odra i Nysa, choć nie główne rzeki w Niemczech, stanowią granicę między nią a Polską.
Oprócz rzek i okazjonalnego jeziora, źródła mineralne są ważną cechą w Niemczech. Te źródła mają zarówno gorącą, jak i zimną wodę, i są fundamentem kilku słynnych uzdrowisk.
