Głównymi rzekami płynącymi w Niemczech są Ren, Dunaj i Łaba. Większość niemieckich miast zbudowano na brzegach tych rzek. Inne godne uwagi rzeki to Wezera, Szprewa, Odra, Moselle, Main, Lech, Lahn, Isr, Havel i Ems.
Ren jest najdłuższą rzeką w Niemczech i dwunastym najdłuższym w Europie. Rozpoczyna się w południowo-wschodnich Alpach szwajcarskich i przed przejściem przez Niemcy tworzy część granicy francusko-niemieckiej, a następnie spływa do Morza Północnego przez Holandię. Ma on około 820 mil długości i ma kilka odnóg i dopływów wzdłuż ścieżki.
Dunaj wznosi się z Czarnego Lasu w miejscowości Donaueschingen. Następnie przepływa na południowy wschód, przechodząc przez cztery stolice w Europie Środkowej, a następnie wpływa do Morza Czarnego przez deltę Dunaju na Ukrainie iw Rumunii. Dunaj dotyka lub przekracza granice 10 krajów: Węgier, Serbii, Austrii, Niemiec, Bułgarii, Słowacji, Rumunii, Chorwacji, Mołdawii i Ukrainy. Jego zlewnia rozciąga się na dziewięć kolejnych krajów.
Łaba wznosi się na pasmo górskie Karkonoszy w północnych Czechach, po czym przemierza Czechy, potem Niemcy i opróżnia się na Morzu Północnym. Do jego głównych dopływów należą rzeki Ohre, Schwarze Elster, Mulde, Havel, Saale i Wełtawa. Dorzecze Łaby jest czwartym co do wielkości w Europie, zamieszkuje go około 24,5 miliona osób.
