Liczne gatunki grzybów mogą dotknąć wiecznie zielone drzewa, z których większość wymaga własnych, unikalnych metod leczenia i kontroli. Niektóre z częstszych problemów i chorób powodowanych przez wiecznie zielone grzyby to zgnilizna korzeni, zarazy, rak, choroba igieł i rdza.
Choroby grzybicze są jednym z bardziej rozpowszechnionych rodzajów chorób wiecznie zielonych, które są spowodowane przez wewnętrzne zakażenie dowolnego z kilku różnych gatunków grzybów. Te rakiety są obszarami martwej kory, które są zwykle widoczne z powodu lepkiej, białej żywicy, która z nich wycieka. Grzyb powoduje śmierć kory, co prowadzi do obumierania okolicy i utraty jej igieł, powszechnie zwanych chorobą igłą. Ta choroba dotyczy tylko drzew, które są obciążone innymi czynnikami środowiskowymi i zwykle można je leczyć przez napowietrzanie i nawożenie obszaru wokół drzewa.
Jeśli drzewo ma grzyb lub rdzę, jedyną skuteczną metodą jest spryskanie go zatwierdzonym fungicydem. Jeśli drzewo cierpi na grzyb korzeniowy, prawdopodobnie wiąże się to z niewłaściwym osuszeniem gleby. Fungicyd może pomóc w takim przypadku, ale najpierw trzeba rozwiązać problem z nadmiarem wody, aby zapobiec nawrotowi infekcji.