Wiele tematów zostało zbadanych w "City of Glass", w tym w homoseksualizmie, miłości, chrześcijaństwie, autorytetach i innych wierzeniach religijnych. Uprzedzenia są również ważnym tematem w tej książce. "Nocni Łowcy" są podejrzliwi wobec pewnych grup ludzi, w tym wampirów, które tolerują światło słoneczne.
Miłość jest jednym z najważniejszych tematów w "City of Glass". Historia koncentruje się na podróży Clary, aby uratować jej matkę. Clary wkracza do miasta, w którym uwięziona jest jej matka, więc jest to niebezpieczna podróż, która wymaga poświęcenia.
Istnieje również wiele romantycznych związków między postaciami w całej książce. Jeden z głównych wampirów w książce, Raphael, używa systemu wierzeń chrześcijaństwa, aby przekonać resztę swojej rodziny, że nie jest wampirem. Odwiedzając kościół regularnie i nosząc krzyż, udaje mu się uniknąć wykrycia. Inne systemy wierzeń są również wspomniane w książce, w tym Star of David and Seal of Solomon.
Homoseksualizm to temat, który staje się ważny, gdy bohater, Clary, widzi kobiecą postać, która całuje inną dziewczynę. Dwie postacie męskie są również zaangażowane w homoseksualny wątek w książce. Ponadto, wulgaryzmy są powszechne w "City of Glass".
