Alternatywy dla tradycyjnych domowych systemów septycznych obejmują recyrkulacyjne filtry piaskowe, toalety kompostujące, systemy septyczne z parowaniem i transpiracją oraz systemy tlenowe. To, czy te lub inne alternatywne metody kosztują mniej niż tradycyjne systemy, zależy od wielu czynników, takich jak wielkość domu, lokalne przepisy i stawki pobierane przez lokalnych wykonawców.
Alternatywne metody przetwarzania odpadów mogą być podobne do tradycyjnych systemów septycznych, takich jak systemy szarej wody lub metody niszczenia odpadów, takie jak spalanie toalet. Dodatkowe metody obejmują systemy laguny i podwyższonego łóżka.
Systemy septyczne w aerobikach oczyszczają ścieki za pomocą środków dezynfekujących, pozwalając na odprowadzanie wody do wód gruntowych bez użycia szamba.
Przepisy na niektórych obszarach zabraniają niektórych rodzajów systemów septycznych, często ze względu na poziomy wód gruntowych lub inne kryteria użytkowania gruntów.