Metro-North Railroad ma główne przystanki w New Haven, Connecticut; Poughkeepsie, Nowy Jork i Port Jervis, Nowy Jork. Sieć ta składa się z trzech linii kolejowych na wschód od rzeki Hudson i dwóch linii kolejowych na zachód od rzeki Hudson. Linie wschodnie pochodzą z Grand Central Terminal, natomiast linie zachodnie pochodzą ze stacji Penn Station. Zachodnie linie również zatrzymują się w miastach New Jersey.
Trzy wschodnie linie to linia New Haven, Harlem Line i Hudson Line. Linia New Haven podąża za północnym wybrzeżem Long Island Sound, gdy wchodzi do Connecticut. Główne przystanki na tej linii to New Rochelle, Nowy Jork; Stamford, Connecticut; Bridgeport, Connecticut i New Haven, Connecticut. Linia ta ma również rozszerzenia do miast Connecticut w New Canaan, Danbury i Waterbury.
Harlem Line podąża za granicą Nowego Jorku z Connecticut. Główne przystanki tej linii to nowojorskie miasta White Plains, Mount Kisco i Wassaic. Linia Hudson podąża za wschodnim brzegiem rzeki Hudson. Głównymi przystankami na tej linii są nowojorskie miasta Yonkers, Tarrytown, Peekskill i Poughkeepsie.
Dwie zachodnie linie to Pascack Valley Line i Port Jervis Line. Linia Pascack Valley znajduje się bliżej zachodniego brzegu rzeki Hudson niż linia Port Jervis. Główne przystanki wzdłuż linii Pascack Valley obejmują East Rutherford, New Jersey i Spring Valley w Nowym Jorku. Główne przystanki wzdłuż linii Port Jervis obejmują Patterson, New Jersey; Tuxedo, Nowy Jork i Port Jervis w Nowym Jorku.
