Niektóre różnice między ELCA i Synodem Missouri to ich interpretacja interpretacji biblijnej, rola kobiet w służbie oraz wiara i praktyka sakramentalna. Chociaż oba wyznania mają wspólne dziedzictwo luterańskie, różnice te doprowadziło do zwiększenia podziału między nimi.
Ewangelicki Kościół Luterański i Kościół Ewangelicko-Augsburski w Synagodze Missouri nigdy nie były jednolitym organem, ponieważ LCMS nigdy nie była częścią organizacji, które połączyły się w celu utworzenia ELCA. Różnice między tymi dwoma organami zaczęły się pojawiać w latach 70. XX wieku, kiedy oba kościoły reagowały inaczej na radykalne zmiany zachodzące w społeczeństwie w tym czasie.
Chociaż oba kościoły mają wspólne wyznania i spowiedzi, różnią się one rozumieniem interpretacji biblijnej. ELCA obejmuje historyczno-krytyczne stypendium Biblii, co prowadzi do różnych interpretacji, na które pozwala ELCA. LCMS jest bardziej sceptyczny wobec pewnych form krytycznego stypendium, wierząc, że podkopuje autorytet biblijny.
Na początku lat 70. ELCA rozpoczęła proces wyświęcania kobiet na pasterskie kierownictwo. Obecnie istnieją kobiety pełniące posługę kapłańską na wszystkich szczeblach ELCA, podczas gdy LCMS uważa, że Biblia zezwala jedynie mężczyznom na pełnienie roli pastorów.
LCMS zezwala tylko członkom w dobrych stanach parafii LCMS na przyjmowanie Komunii w swoich służbach. ELCA pozwala każdemu ochrzczonemu chrześcijaninowi na przyjęcie w kościele ELCA i ma pełne umowy z innymi protestanckimi wyznaniami.
