Sześciokąty występują w przyrodzie w wielu miejscach, takich jak powiązane komórki ula i kryształy płatka śniegu. Muszle żółwi są często pokryte sześciokątnymi znaczeniami. Giant's Causeway in Scotland to cecha geograficzna złożona z 40 000 sześciokątnych kolumn bazaltu. Sześciokąty są powszechnie stosowane w przypadku płytek, kostek brukowych i innych pokryć ściennych i podłogowych, a panele słoneczne często składają się z siatek sześciokątnych.
Naturalne występowanie sześciokątów wynika z efektywnego wykorzystania przestrzeni w kształcie sześciokąta. Sześciokąt jest jednym z trzech zwykłych wielokątów, które pasują do siebie, aby pokryć płaską powierzchnię bez żadnych przerw, pozostałe dwa to kwadrat i trójkąt równoboczny.
Ponieważ sześciokąt ma więcej boków niż kwadrat lub trójkąt, jego obszar ma bardziej zwarty stały obwód niż jeden. Oznacza to, że sześciokątne komórki o strukturze plastra miodu zużywają najmniejszą ilość wosku niezbędną do zamknięcia maksymalnej przestrzeni bez marnowania przestrzeni między komórkami.
Sześciokątny układ pozwala również na gęste pakowanie okrągłych przedmiotów. Na przykład, kulki umieszczone w zaokrąglonym naczyniu naturalnie układają się w sześciokątny kształt, z sześcioma marmurami skupionymi wokół jednego centralnego marmuru.
