Sąsiadujące z Japonią kraje to Korea Południowa, Korea Północna, Rosja i Chiny. Japonia jest krajem archipelagowym położonym we wschodniej Azji, otoczonym Północnym Pacyfikiem i Morzem Japońskim.
Cztery główne wyspy Japonii to Honsiu, Kyushu, Hokkaido i Sikoku. Półwysep Koreański znajduje się około 124 mil od wyspy Kyushu, a rosyjskie wybrzeże jest oddalone o 186 mil od wyspy Hokkaido, chociaż rosyjska wyspa Shakhalin znajduje się zaledwie 23 mil od Japonii. Teren Japonii jest przeważnie górzysty z częstymi występami sejsmicznych działań ze względu na liczne aktywne wulkany otaczające kraj.