Wady korzystania z systemu informacji geograficznej (GIS) polegają na tym, że jego techniczny charakter może przedstawiać wyniki jako bardziej wiarygodne niż w rzeczywistości, a błędy i założenia mogą być ukryte, co prowadzi do braku kwestionowania w Wyniki. Inną wadą analizy wyników GIS jest to, że wyniki będą tak dokładne, jak dane, z których pochodzą. Z tego powodu dane mogą nie być w stanie obsługiwać różnych kontekstów, szczególnie jeśli dane nie mają zastosowania.
Na przykład, jeśli dane wejściowe do GIS zostaną wprowadzone na poziomie powiatu, wyniki w GIS będą mogły być wykorzystane tylko na poziomie powiatu, a nie na żadnym innym poziomie, takim jak poziom dzielnicy lub okręgu. Dostępność danych sama w sobie jest również poważnym problemem. Jeśli dane nie są dostępne, system GIS jest bezużyteczny.
Co więcej, systemy GIS nie są podobne do innych programów. Nie są "z półki", co oznacza, że muszą zostać zmontowane i wykonane zgodnie z projektem użytkownika. Może to być długi, złożony i kosztowny proces. Z tego powodu wiele systemów GIS nie osiąga rezultatów lub nie udaje się ich wdrożyć, ponieważ ich tworzenie zostało przyspieszone lub niedostatecznie zaplanowane.
Systemy GIS są często tak skomplikowane, że trudno im opisać korzyści niematerialne, które mogą zapewnić, co utrudnia znalezienie środków finansowych na ich tworzenie. Ponadto technologia technologii GIS szybko się rozwija, powodując, że systemy GIS charakteryzują się wysokim wskaźnikiem przestarzałości. Bardzo trudne jest również tworzenie programów GIS, które są zarówno szybkie, jak i przyjazne dla użytkownika. Systemy GIS zazwyczaj wymagają złożonego języka poleceń. Pola danych i ich dostępność są również niezrozumiałe, a dane mogą stać się niekompletne, przestarzałe lub błędne, co powoduje, że GIS wprowadza w błąd.
