Mimo że pendrive może być łatwym sposobem przesyłania plików między komputerami, mogą być one także wektorem infekcji złośliwym oprogramowaniem. Każdy komputer z włączonym autoodtwarzaniem może automatycznie uruchamiać zainfekowane pliki na pendrive , powodując infekcję. Dyski Pen mają również stosunkowo krótką żywotność w porównaniu do innych form mediów, ponieważ każda komórka pamięci flash może akceptować tylko określoną liczbę przepisań.
Napędy Pen mogą być również ograniczone przez sprzęt komputerowy. Szybkość, z jaką można odczytać lub zapisać pliki, zależy od wersji USB zainstalowanej na dowolnym komputerze. USB 2.0 może przesyłać około 60 megabajtów na sekundę, co może sprawić, że przenoszenie dużych plików będzie żmudnym zadaniem. Z drugiej strony USB 3.0 może osiągnąć prędkość do 640 megabajtów na sekundę. Jednak niewiele pendrive'ów jest w stanie osiągnąć maksymalne ograniczenie prędkości, zmuszając użytkowników do zwrócenia szczególnej uwagi na specyfikacje, aby uzyskać jak najszybszy napęd na pióro.
Napędy Pen są również podatne na awarie sprzętu. Wnętrze pendrive'a jest często po prostu płytką drukowaną przylutowaną do wtyczki USB, a ponieważ te urządzenia wystają z boku lub z przodu komputera, mają tendencję do bardzo szybkiego uderzenia lub uderzenia. Punkt połączenia jest najsłabszym punktem i punktem awarii, co ułatwia przerwanie połączenia USB i uczynienie dysku bezużytecznym.
