Niektóre niedogodności związane z regionalną integracją gospodarczą obejmują przesunięcie siły roboczej, mniejszą wydajność w handlu, w pewnym stopniu tworzenie barier handlowych dla osób niebędących członkami i utratę suwerenności. Integracja gospodarcza jest, jest jednak uważany za klucz do rozwoju międzynarodowego, ponieważ przełamuje szereg barier handlowych między państwami członkowskimi.
Jedną z wad regionalnej integracji gospodarczej jest to, że zachęca do zmiany siły roboczej. Jeśli, na przykład, dany region oferuje intratne możliwości, większość specjalistów jest zmuszona przenieść się ze swoich ojczystych krajów do kraju z lepszymi możliwościami. Może to stworzyć nowe wyzwania dla kraju, w którym próbuje konkurować z innymi.
Inną wadą jest to, że może pojawić się nieskuteczność handlu. Na przykład, jeśli jeden kraj tradycyjnie zajmuje się handlem z konkretnym krajem, ich handel może zostać zmuszony do zaprzestania, jeżeli zostaną ustanowione nowe przepisy, które uniemożliwiają państwom handel z innymi, które nie należą do unii gospodarczej. Kraje w ramach związku mogą oferować niższe ceny lub mogą być zbyt drogie, co sprawia, że handel jest trudny lub mniej lukratywny.
Po wejściu w życie nowych przepisów regionalnych, kraje członkowskie mogą stracić suwerenność w pewnych sprawach. Nowe przepisy mogą sprawić, że wszystkie kraje skonsultują się i zbudują consensus, zanim zaczną robić nowe rzeczy, co można uznać za utratę suwerenności.
