Niektóre wady zintegrowanego zarządzania szkodnikami (IPM) polegają na tym, że ich stosowanie wymaga regularnego monitorowania, nie może być stosowane w przypadku wszystkich agrofagów, może być trudne do określenia, kiedy stosować opryski, nie działa ze wszystkimi środowiska i praktycy muszą zrozumieć, w jaki sposób IPM działa i konsekwentnie przestrzegać praktyk. Celem IPM jest zmniejszenie częstotliwości stosowania pestycydów, a niektóre stosowane metody obejmują kontrolę biologiczną, kontrolę chemiczną, kontrolę kulturową i selekcję odmianową.
IPM ma również pewne zalety. Po pierwsze, ludzie, którzy natryskują chemikaliami będą narażeni na mniej zagrożeń dla zdrowia, ponieważ chemikalia nie będą rozpylane tak często. Po drugie, nie będzie tak dużego zapotrzebowania na chemikalia w przyszłości. Ponadto będzie mniej oporności na pestycydy i zanieczyszczeń.
