Główną wadą pakietów zintegrowanych jest to, że są mniej wydajne w porównaniu do samodzielnych aplikacji. Zwykle mają mniej funkcji w porównaniu do swoich odpowiedników o ogólnym przeznaczeniu.
Ponieważ wszystkie aplikacje w pakiecie są ładowane od jednego uruchomienia, wszystkie będą jednocześnie ładowane do pamięci, nawet jeśli wykonywane zadanie jest proste i nie wymaga dużej mocy obliczeniowej.
Pomimo swoich niedostatków zintegrowane pakiety są na ogół tańsze niż oddzielne programy. Wszystkie aplikacje w zintegrowanym pakiecie oprogramowania mają zazwyczaj podobny graficzny interfejs użytkownika, co sprawia, że przełączanie między aplikacjami jest proste i proste.
