Magnetyczne systemy rozpoznawania pisma odręcznego oferują wysoki poziom bezpieczeństwa, ponieważ znaki MICR są zapisywane za pomocą tuszu z tlenku żelaza i zachowują ścisły format, co praktycznie uniemożliwia wykucie; Jednak te wyspecjalizowane systemy są kosztowne i można ich używać tylko do odczytu czcionek MICR napisanych w określonych formatach. Kasety używane w drukarkach MICR są również bardziej kosztowne w porównaniu do innych kaset z tonerem.
Inną kluczową zaletą rozpoznawania znaków magnetycznych jest to, że ma małą częstość błędów odczytu. Skanery MICR zostały opracowane w celu precyzyjnego odczytywania znaków, pod warunkiem, że są zgodne ze standardami ustanowionymi przez American Bankers Association, ABA i American National Standards Institute, ANSI.
Te standardy są dość wysokie i mogą być trudne do osiągnięcia, co może być wyraźną wadą dla niektórych instytucji. ANSI zarządza i wdraża wszystkie standardy drukowania; jeśli czcionki MICR nie spełniają ustalonych standardów, spowodują błędy przetwarzania i zostaną odrzucone w bankach i innych instytucjach.
Technologia rozpoznawania znaków z atramentem magnetycznym jest używana głównie przez banki w celu weryfikacji ważności czeków; niektóre linie lotnicze wykorzystują je do sprawdzania biletów lotniczych. Znaki i liczby zwykle znajdują się na dole czeków. Drukarki laserowe z tonerem MICR są używane do drukowania znaków z atramentem magnetycznym.