Według The Flag Foundation of Nigeria centralny pionowy biały pasek flagi Nigerii reprezentuje pokój i jedność, a także nawiązuje do rzeki Niger, która przepływa przez kraj i nadaje jej nazwę. Zielone pasy otaczające biały odcinek symbolizują bujne rolnictwo Nigerii.
Nigeria nieformalnie przyjęła ten projekt flagi w 1959 roku. Została stworzona przez nigeryjskiego studenta inżyniera mieszkającego w Londynie, Michaela Taiwo Akinkunmi. Przedstawił swoją propozycję po obejrzeniu ogłoszenia o konkursie flagi narodowej podczas czytania nigeryjskiej gazety w bibliotece. Według Akinkunmi był zainspirowany widokiem zielonych pól Nigerii ułożonych poniżej, kiedy przyleciał do Anglii.
Pierwotnie projekt obejmował stylizowane czerwone słońce z naprzemiennymi długimi i krótkimi promieniami w centralnej białej sekcji, ale sędziowie pominięto ten element. Flaga Akinkunmi została wybrana spośród prawie 3000 wpisów. Nagrodę w wysokości 100 funtów przyznano mu w ambasadzie Nigerii w Londynie.
Nigeria stała się niepodległym państwem 1 października 1960 roku. Tego samego dnia, dokładnie o godzinie 00.00, zielony i biały wzór Akinkunmi pojawił się na flagach jako oficjalna flaga kraju, zastępując flagę Wielkiej Brytanii.