Pierwszą żoną Johna Denvera była Annie Martell, którą poślubił w 1967 roku. Jego drugą żoną była Cassandra Delaney, aktorka, którą poślubił w 1988 roku, sześć lat po rozwodzie z Annie Martell.
John Denver spotkał Annie Martell w college'u w Minnesocie, gdzie występował ze swoim zespołem. Oboje pobrali się w następnym roku, a później adoptowali dwoje dzieci, Zachary i Annę Kate. Denver i Martell rozwiedli się w 1982 roku.
Denver poślubił swoją drugą żonę, aktorkę Cassandrę Delaney, po dwuletnich zalotach. Denver i Delaney mieli jedną córkę, Jessego Bella. Para wyodrębniła się w 1991 roku i rozwiodła w 1993 roku.