Najczęstszą przyczyną brązowej studni jest zanieczyszczenie żelazem. Nagła zmiana koloru wody oznacza, że zanieczyszczenie jest świeżo wprowadzone do studni i może być spowodowane skażeniem przemysłowym, rdzewiejącymi instalacjami wodnymi uchwyty lub naturalne żelazo wymywane z ziemi.
Obróbka chemiczna i filtracja osadu służą do usuwania żelaza z wody studziennej. Po usunięciu żelaza, woda wymaga dalszej obróbki chemicznej, aby zabić wszelkie bakterie zużywające żelazo, które mogły utworzyć biofilm w wodzie studziennej. Jeśli żelazo pozostaje w wodzie studzienki, bakterie mogą powrócić i powodować problemy.
