Jeśli użytkownik usunie pliki cookie, będzie musiał ponownie zalogować się na często odwiedzane witryny i może utracić niektóre ustawienia wyświetlania w różnych witrynach. Niestety, usunięcie plików cookie nie spowoduje pozbycia się plików cookie użytkownika używa wielu reklamodawców.
Każda przeglądarka ma sposób na usunięcie plików cookie. Wielu ekspertów zaleca regularne wykonywanie tego działania, ale należy pamiętać, że po usunięciu plików cookie konieczne będzie zalogowanie się na stronach internetowych. Zalogowanie się na powszechnie używane witryny nie stanowi problemu, o ile użytkownik ma zapisane swoje hasła lub używa menedżera haseł.