Dowody wskazujące, czy czekolada powoduje luźne wypróżnienia, są niejednoznaczne. Niektóre badania ujawniają, że kofeina w czekoladzie może powodować luźne stolce, stwierdza Beth W. Orenstein w codziennym zdrowiu. Ewentualnie inne dowody wskazują, że ciemna czekolada może hamować luźne stolce, twierdzi WebMD.
Kofeina znajduje się w czekoladzie i stymuluje układ trawienny. Powoduje, że jedzenie szybciej przemieszcza się przez przewód pokarmowy, co może prowadzić do biegunki - wyjaśnia Orenstein. Mimo to, w 2005 roku, badania wykazały, że flawonoidy zawarte w ziarnach kakaowych i produktach z ciemnej czekolady mogą pomóc w łagodzeniu biegunki, zgodnie z WebMD. Flawonoidy wydają się hamować utratę płynów jelitowych, co przyczynia się do luźnych stolców.