Czyszczenie ząb może zranić. Poziom bólu różni się w zależności od pacjenta, ogólnego stanu zdrowia jamy ustnej oraz głębokości czyszczenia zębów. Dentyści zapewniają pacjentom różne możliwości odrębienia obszaru i zapobiegają dużemu dyskomfortowi, takim jak zastrzyk lub miejscowy żel znieczulający.
Głębokie czyszczenie zębów jest oddzielone od standardowego czyszczenia i często jest konieczne, gdy bakterie wywołują przyzębienie. Głębokie czyszczenie redukuje liczbę bakterii i oczyszcza zainfekowany obszar w celu umożliwienia gojenia. Głębokie czyszczenie może usunąć każdą zainfekowaną strukturę zęba, a także osady kamienia nazębnego i kamienia nazębnego, które tworzą się pod dziąsłami.