Niektóre różnice między "Panią Pacman" i "Pacman" obejmują dodanie dodatkowej pary tuneli osnowowych w trzech z czterech labiryntów gry. Same labirynty różnią się od oryginalnych gier "Pacman".
W grach "Ms. Pacman" wzorce zachowań duchów są inne niż w "Pacmanie", a także zawierają losowy element w ruchu duchów. Zapobiega to zapamiętywaniu przez graczy wzorców, w których poruszają się duchy, czyniąc grę nieco trudniejszą niż "Pacman".
Owoce w grze również zachowują się inaczej. Zamiast tarła na środku mapy, owoce w "Pani Pacman" podskakują w labiryncie w przypadkowy sposób, wchodząc i wychodząc z tuneli osnowowych w każdym labiryncie. Dodatkowo, po napotkaniu każdego owocu pojawiają się w sposób losowy. To zaczyna się w 8. rundzie.
Dokonano również zmian w animacji śmierci pani Pacman. Zamiast spakować się i zniknąć jak Pacman, pani Pacman po prostu kręci się wokół, gdy dotyka ducha. Zmieniają się również efekty dźwiękowe jej śmierci, podobnie jak wiele innych dźwięków w grze.
"Pani Pacman" ma błąd w swoich podprogramach, który powoduje, że gra nie może być odtworzona po 256 rundzie. Jednak wiele innych błędów pojawia się znacznie wcześniej podczas rozgrywki, przez co jest mało prawdopodobne, że gracz osiągnie 256 rundę bez użycia emulacji.
