Według Bonsai Primer, częstymi przyczynami spadających liści bonsai są naturalne zrzucanie liści, niedostateczne oświetlenie i nadmierne podlewanie. Nieodpowiednie oświetlenie jest szczególnym problemem w przypadku bonsai w pomieszczeniach. Liście mają żywotność i ostatecznie umierają. Kiedy duża liczba liści bonsai nagle ginie i spada, drzewo ma poważny i potencjalnie śmiertelny problem, który wymaga natychmiastowej interwencji.
Innymi przyczynami upuszczania liści bonsai są przedłużone niskie temperatury i niedostateczne podlewanie. Opuchnięte, wiotkie i podarte liście szybko odzyskują się, gdy są podlewane. Nadmierna woda i zły drenaż stanowią większe zagrożenie dla drzewa. Gdy korzenie i pień zaczynają gnić, większość bonsai umiera.
Problemy z podlewaniem łatwiej zapobiegać niż leczyć. Fuku Bonsai zaleca zanurzanie korzeni i kotwiczenie skały przez trzydzieści minut w tygodniu. Po podlaniu drzewo musi spływać po złożu czystego, suchego żwiru. Jest to doskonała okazja do zbadania drzewa pod kątem zgnilizny korzeni i grzybów. Przewlekłe przelewanie powoduje, że naturalnie białe końcówki korzeni są czarne. To pokazuje, że drzewo zaczęło gnić.
Według przewodników ogrodniczych większość problemów z bonsai rozwija się stopniowo i dobrze reaguje na wczesne leczenie. Jeśli inspekcja korzeni odsłania czarne końcówki, należy je natychmiast usunąć za pomocą jałowych nożyczek lub maszynki do strzyżenia. Te same narzędzia są skuteczne w usuwaniu martwych lub uszkodzonych gałęzi i liści.