Istnieje kilka chorób, które powodują brązowienie roślin bazylii, takich jak mączniak rzekomy, więdnięcie fusarium i bakteryjna plamistość liści. Choroby te powodują pojawienie się na roślinie brązowych plam i smug, w tym liście i łodygi.
Jedną z najpoważniejszych chorób roślin bazylii jest mączniak rzekomy, spowodowany chorobą grzybową. Liście stają się brązowe lub szare, począwszy od żółknięcia górnego liścia rośliny. Następnie spody liści zmieniają kolor na fioletowy lub szary, ponieważ tam rozprzestrzeniają się zarodniki grzyba. W końcu liście stają się brązowe i giną. Ci ogrodnicy, którzy wcześnie go złapią, mogą usunąć chore liście, ale muszą zachować ostrożność, ponieważ jeśli spory zostaną znokautowane, mogą się rozprzestrzeniać.
Inną chorobą, która powoduje, że roślina bazylii zaczyna się brązować, jest więdnięcie fusarium, które jest pleśnią wywołaną przez infekcję grzybiczą. Ta pleśń zwykle infekuje rośliny, ponieważ znajduje się w glebie. Powoduje, że liście więdną, żółkną i opadają, a łodygi stają się skręcone, skarłowaciałe i mają brązowe plamy lub smugi.
Trzecią chorobą powodującą brunatne rośliny bazylii jest bakteryjny plamistość liści spowodowana bakterią Pseudomonas cichorii. Choroba ta jest również przenoszona w glebie i zmienia liście i łodygi w brązowe.