Najlepszym miejscem do pobrania Pixelmon Mod dla Minecrafta jest pixelmonmod.com. Oferuje wiele wersji mod do pobrania za pośrednictwem bezpiecznego hostingu.
Na głównej stronie Pixelmon Mod kliknij kartę "Pobrane". Spowoduje to otwarcie pobierania plików Pixelmon Core. Na tej stronie wybierz wersję do pobrania. Pixelmon ma listę zalecanych plików do pobrania, które są wersjami gry, które zostały przetestowane i debugowane.
Gracze mają również możliwość pobrania wersji beta i programu uruchamiającego Pixelmon Mod opartego na systemie Windows. Program uruchamiający ułatwia uruchamianie tego mod w grze Minecraft dla tych, którzy nie są zaznajomieni z instalowaniem modyfikacji gier.